Candidate phyla radiation
Candidate phyla radiation (také jako CPR skupina) je velká monofyletická skupina bakteriálních kmenů obsahující v naprosté většině nekultivovatelné zástupce známé pouze z metagenomických studií. Nejdříve byly tyto bakterie považovány za členy superkmenu nazvaného Patescibacteria.[1] Později se ukázalo, že se jedná o skupinu až 35 kmenů.[2][3] V době svého popisu (2015) tato skupina představovala více než 15% známé bakteriální diverzity.[3]
Skupina unikala pozornosti díky menším (nanometrovým) rozměrům buněk svých zástupců, velmi odlišné sekvenci genu 16S rRNA. Bakterie ve skupině CPR mají malý genom, často postrádají ribozomální proteiny a obvyklé bakteriální metabolické dráhy.[3]
V roce 2015 se podařilo vykultivovat[4] prvního zástupce CPR skupiny pojmenovaného TM7x patřícího do kmenu Saccharibacteria (dříve označeného TM7). Pochází z lidské ústní dutiny a žije jako obligátní parazitický epibiont na další bakterii Actinomyces odontolyticus strain (XH001). Genom TM7x má velikost 705 kbp.
Reference[editovat | editovat zdroj]
- ↑ RINKE, Christian; SCHWIENTEK, Patrick; SCZYRBA, Alexander. Insights into the phylogeny and coding potential of microbial dark matter. Nature. 2013-07-25, roč. 499, čís. 7459, s. 431–437. Dostupné online [cit. 2021-01-10]. ISSN 0028-0836. DOI 10.1038/nature12352. (anglicky)
- ↑ HUG, Laura A.; BAKER, Brett J.; ANANTHARAMAN, Karthik. A new view of the tree of life. Nature Microbiology. 2016-05, roč. 1, čís. 5, s. 16048. Dostupné online [cit. 2021-01-10]. ISSN 2058-5276. DOI 10.1038/nmicrobiol.2016.48. (anglicky)
- ↑ a b c BROWN, Christopher T.; HUG, Laura A.; THOMAS, Brian C. Unusual biology across a group comprising more than 15% of domain Bacteria. Nature. 2015-07, roč. 523, čís. 7559, s. 208–211. Dostupné online [cit. 2021-01-10]. ISSN 0028-0836. DOI 10.1038/nature14486. (anglicky)
- ↑ HE, Xuesong; MCLEAN, Jeffrey S.; EDLUND, Anna. Cultivation of a human-associated TM7 phylotype reveals a reduced genome and epibiotic parasitic lifestyle. Proceedings of the National Academy of Sciences. 2015-01-06, roč. 112, čís. 1, s. 244–249. Dostupné online [cit. 2021-01-10]. ISSN 0027-8424. DOI 10.1073/pnas.1419038112. PMID 25535390. (anglicky)