První písemná zmínka o obci Chelčice je z roku 1352. Dochovaná kronika je z roku 1872. Původní vladycký a první známý šlechtický rod Hrůzů z Chelčic sídlil dle písemných zpráv v roce 1390 na nedalekém hradě Helfenburku u Bavorova. V roce 1444 koupil pan Oldřich z Rožmberka Prachatice a ustanovil zde Václava Hrůzu z Chelčic za purkrabího. V druhé polovině 15. století přešly Chelčice do vlastnictví rytířů z Malovic.
Socha Petra Chelčického
S názvem obce je spojen také významný středověký náboženský reformátor a filozof Petr Chelčický. V roce 1946 mu na jeho počest Chelčičtí vystavěli pomník, v roce 2010 byl po rozsáhlé rekonstrukci středověké sýpky v centru obce zřízen Památník Petra Chelčického
Obec Chelčice se svým okolím patří k nemnoha historicky podloženým oblastem na jihu Čech s velkou pěstitelskou tradicí ovocných dřevin. Písemné zprávy o tom, že se třešně z Chelčic v nůších vozily na trh do Českých Budějovic, sahají až k roku 1860.
V Chelčicích byly vyšlechtěny některé odrůdy s okrajovým významem, jako například: třešeň „Libějovická raná", jabloň "Petr Chelčický“ a později následovaly odrůdy další. V současné době se v chelčické oblasti pěstuje celý světový sortiment jabloní, třešní, višní, rybízu červeného a černého. Toto ovoce se jednak uplatňuje v obchodní síti, nebo se v místě z některých odrůd zpracovává na ovocné koncentráty a marmelády.
